台風6号は3日午前4時半ごろ、和歌山県南部に上陸し、その後東海や関東地方へと進んだ。気象庁は一時、和歌山県を流れる古座川を対象に、命の危険があり直ちに安全確保を求める「レベル5氾濫特別警報」を発表した。これは5段階の警戒レベルで最も危険度が高く、5月末に新しい防災気象情報の運用が始まって以来、初めての発表となった。特別警報は3日午前5時35分に発表され、同8時50分にレベル2氾濫注意報に切り替えられた。
また、短時間に大雨をもたらす「線状降水帯」も相次いで発生し、各地で記録的な大雨となった。気象庁によると、3日未明から午前にかけて、徳島、和歌山、静岡、神奈川の4県で線状降水帯が確認された。午前9時までの24時間降水量は、三重県尾鷲市で526ミリ、同県大台町で419ミリに達し、いずれも6月としての観測史上1位を記録した。風も強まり、東京都八丈町では最大瞬間風速35.5メートルを観測した。
台風6号の影響で、東京都内を流れる神田川や目黒川などでも、危険度が2番目に高い「レベル4氾濫危険警報」が発表されるなど、関東や東海で危険警報が相次いだ。読売新聞の3日午前9時時点の集計では、沖縄、鹿児島、宮崎、兵庫、滋賀の5県で計22人が負傷した。避難指示は東京や神奈川、三重など9都県で少なくとも計約40万世帯82万人に出された。
国土交通省によると、3日は九州から東海を中心に未明から高速道路や国道の一部区間で通行止めが続いた。関東でも広い範囲で午後から通行止めになる可能性があるという。鉄道では、JR東海やJR東日本によると、東海道新幹線や東北新幹線は3日午前11時現在、おおむね通常通り運行しているが、首都圏在来線では、湘南新宿ラインの一部区間などで始発から計画運休が行われた。空の便も、全国で日本航空334便、全日空287便など、計880便の欠航が予定されている。
台風は3日夕方にかけて関東に接近し、千葉県・房総半島東の沖合に離れていく見通し。4日午前6時までに予想される24時間降水量は多い所で、関東甲信と東海で200ミリ、東北で120ミリと予想されている。
